ביואינפורמטיקה- שאלות חשובות....
1) האם בעץ פילוגנטי תמיד יש אב קדמון משותף? גם בunrooted tree? 2)האם בעץ פילורם יש אב קדמון משותף, או שבפילוגרם ניתן לראות רק מרחקים אבולוציוניים ולא אב קדמון משותף ובקלדוגרם להיפך? 3)איך מזהים בעץ פילוגנטי רצפים אורתולוגים והומולוגים? 4)האם יש קשר בין ציון ההתאמה וערך ה e value, למשל ככל שציון ההצאמה גבוה יותר כל ה e value נמוך יותר, או שאין קשר? 5)האם למדנו על unigene ו ensemble? מה יש בהם? 6)האם יש דבר כזה גנים הומולוגים, או רק חלבונים הומולוגים? 7) מצורפת בקובץ
1) האם בעץ פילוגנטי תמיד יש אב קדמון משותף? גם בunrooted tree? 2)האם בעץ פילורם יש אב קדמון משותף, או שבפילוגרם ניתן לראות רק מרחקים אבולוציוניים ולא אב קדמון משותף ובקלדוגרם להיפך? 3)איך מזהים בעץ פילוגנטי רצפים אורתולוגים והומולוגים? 4)האם יש קשר בין ציון ההתאמה וערך ה e value, למשל ככל שציון ההצאמה גבוה יותר כל ה e value נמוך יותר, או שאין קשר? 5)האם למדנו על unigene ו ensemble? מה יש בהם? 6)האם יש דבר כזה גנים הומולוגים, או רק חלבונים הומולוגים? 7) מצורפת בקובץ
שימו לב כי פילוגרם וקלדוגרם אינם עצים פילוגנטיים רק התוכנות שלמדנו בפיליפ מייצרות זזאת לפי האלגורתמים שדסירנו עליהם... 1. כן, כל המטרה היא למצוא מי קדם למי, ואיך מקושרים. 2. בקלדוגרם ניתן לראות רק אב קדמון משותף, בפילוגרם ניתן לראות גם מרחקים. 3. אורתולוג= הומולוג (נא לחזור על החומר), אם הם נמצאים בסביבה הקרובה.... השאלה היא מה מלכתחילה שמים כפלט לעץ, כי אפשר לספק רשימה של אורתולוגים והוא יראה שחלק קרובים יותר וחלק פחות.... 4. ציון התאמה גבוהה מראה על התאמה טובה, ציון eval נמוך מראה על מובהרות ההתאמה, כשמנתחים את אותה התוצאה אז הכלל שרשמתם הוא נכון. 5. לא למדנו על ה-ensembl במקום זה למדתם על ucsc, לגבי ה- unigene ייתכן והופיע בהרצאות או בתרגיל בית על Biological-DB, 6. זה אותו הדבר, צריך להפנים מהו הומולוג, לא משנה אם מתואר ברמת החלבון או הגן, מה שכן הגיוני שיהיה יותר דמיון ברמת החלבון מאשר הגן... 7. מה שמסומן שם נכון, ונובע מהגדרות הפילוגרם.... בהצלחה