עזרה בביואינפו

tzvikl

New member
עזרה בביואינפו

מישהו יכול בבקשה להסביר לי בתמצות איך פועל FASTA ו BLAST? מה בדיוק ההבדל ביניהם? ולמה FASTA יותר איטית ויותר מדוייקת?
 

tzvikl

New member
ועוד שאלה

איך בדיוק עובד השיטה לריצוף דנ"א shot-gun ומה זה coverage? וואו המצב שלי חמור :)
 

מה ה מצב

New member
ניסיון

1,2 ניסיון... שתי התוכנות האלה בונות על השוואה של מקטעים קצרים. פסטה (נשמע טעים) לוקחת זוג חומצות אמינו או 4-6 נוקלאוטידים כל פעם ברצף אותו בודקים ובודקת אותו מול כל הרצפים הידועים בלסט לעומת זאת לוקחת 3 חומצות אמינו כל פעם מהרצף והולכת ורואה אם השלשה הזו מופיעה בחלבונים אחרים. על כל רצף שבו השלשה הזו מופיעה מקבלים ניקוד. פסטה יותר מדוייקת ויותר איטית, על פי הבנתי זה בגלל שהיא בודקת זוגות ובלסט בודקת שלשות אז לוקח לפסטה יותר זמן, כי היא בודקת יותר, ולכן היא גם יותר מדוייקת
 
למעלה