FST - התשובה של פרופ' גרייבס

[Charles Darwin]

יש הסבר פשוט לרגישות של Fst לשכיחות האללים

"אבל המאמר האחרון ששמתי לך למטה מראה ש-FST רגיש לשכיחויות של האללים. בכל אתר גנטי יש שכיחויות אחרות, לכן אני מעריך שעל זה גם שימוש באותו המדגם לא יפצה."

ראה למשל בפוסט של ג'ון הוקס. הרגישות הזו לא מהווה בעיה, כי בהשוואה של הרבה אתרים במקביל נצפה לקבל את כל ספקטרום השכיחויות. בפועל זה אומר שהאינטואיציה שלנו על Fst בדיפלואידים קצת מוטה, ו-Fst של 0.15 שקול להבדל של אולי 0.25 בשכיחות האללים בין האוכלוסיות. ההטיה היא מקסימלית כשהשכיחות קרובה ל-0.5, כך שהבדל יחסית גדול של שכיחות 0.3 באוכלוסיה אחת ו-0.7 באוכלוסיה השניה (כלומר פער של 0.4) יתורגם ל-Fst של 0.16 בלבד. לכן, כאמור, הטיעון הזה חביב על גזענים.

 

[Charles Darwin]

אמנם קישרתי כבר כמה פעמים לפוסט הזה של הוקס

אבל הנה הוא שוב ליתר ביטחון: http://johnhawks.net/weblog/reviews/evolution/mathematical/fst_frisbee_2007.html

 

[אני רק עובר]

אני לא בטוח למה אתה מתכוון

אתה מתכוון להשוואה בין אוכלוסיות על פני אתרים גנטיים (כמו בשימוש הרגיל של FST לקביעת הדיפרנציאציה בין אוכלוסיות) או להשוואה בין אתרים שונים באותן האוכלוסיות (כמו במאמר שרני הביא)?

בכל מקרה, גם בהנחה שנקבל את כל ספקטרום השכיחויות, ההתפלגות שלהן יכולה להיות מאוד שונה, כתלות באוכלוסיות ובאתרים שנבחרו למחקר הספציפי. לכן אני לא רואה איך תיקון פשוט בדיעבד מסדר את העניין. זו מן הסתם גם הסיבה שהמאמר שהבאתי לא מציע תיקון כזה.

 

[Charles Darwin]

אני מתכוון שאי אפשר לדעת

מה ההבדל בשכיחות של אלל מסוים בין שתי אוכלוסיות בהינתן ה-Fst באותו אתר, אבל היות ושכיחות האללים מתפלגת בצורה צפויה, אפשר להעריך בקירוב סביר את ההבדל הכללי בשכיחות האללים בין שתי אוכלוסיות בהינתן ה-Fst הכללי ביניהן.

אגב, לדעתי ג'ון לא צודק במשפט הזה:

The bottom line is that, although 10 to 15 percent is a small number, and reflects a high historic rate of genetic exchange

זה לא מעיד על exchange אלא בעיקר על כך שלא היה מספיק זמן לחדש את מלאי השונות מאז הפיצול, וצווארי הבקבוק לא היו מספיק קיצוניים כדי להעלים את השונות העתיקה.

 

[רני שרוני]

אתה טוען שסחף גנטי גרם להבדלים?

ולא לחץ ברירה חיובי ושלילי כמו שלמשל טוען אותו מאמר שהזכרתי כבר בכותרת:Natural selection has driven population differentiation in modern humans

ובהקדמה:
The considerable range of observed phenotypic variation in human populations may reflect, in part, distinctive processes of natural selection and adaptation to variable environmental conditions

הם נשמעים די משוכנעים:
We find that negative selection has globally reduced population differentiation at amino acid–altering mutations, particularly in disease-related genes. Conversely, positive selection has ensured the regional adaptation of human populations by increasing population differentiation in gene regions, primarily at nonsynonymous and 5'-UTR variants.

למשל, FST של 0.6 על צבע עור של רומז ללחץ סלקציה?

 

[Charles Darwin]

לא מכיר Fst של 0.6 בצבע עור

כאמור, ברמה הפנוטיפית זה חושב כ-0.88, אם כי מדגם קצת שונה יכול לתת 0.6. ברמה הגנוטיפית אני לא מכיר חישוב כזה ונראה לי שזה יצא הרבה פחות מ-0.6.

סלקציה עשויה להתבטא בעליה ב-Fst, אך יתכן שרוב מקרי ה-Fst החריג הם כתוצאה מסחף. לכן כדאי להצליב עם מידע נוסף כמו למשל האפקט הפנוטיפי של האללים. אגב, סלקציה עשויה במקרים מסוימים להוריד את ה-Fst ואף להתבטא בערכי Fst שליליים באופן נקודתי.

 

[אני רק עובר]

מן הסתם סחף גנטי גרם לרוב ההבדלים

וזאת בעצם גם הטענה שלהם. מבחינתם הראייה לברירה טבעית היא באותם אתרים אשר משיגים FST גבוה במיוחד על רקע כל השאר.

הם קיבלו FST גם באתרים "לא גנים" כלומר כאלו שהם שלפי ההנחה נייטרלים ברובם. בכלל, ההבדלים שהם מראים בין אתרים "גנים" ו"לא גנים" לא מרשימים, אבל כיוון שהם חושבו על פני הרבה אתרים, יש סיכוי שהם לא סובלים מן ההטיות של FST, ולכן אני מוכן לקבל שהם הראו מרכיב של ברירה טבעית בהבדלים בין אוכלוסיות (מה שכבר ידענו קודם) אבל לא ברור באיזה גודל.

FST גבוה של האתרים הקשורים לצבע עור הוא ראייה טובה ללחץ סלקציה בעיקר בזכות הידע הקודם שלנו שצבע עור אכן נמצא תחת לחץ סלקציה שונה באוכלוסיות שונות. לגבי האתרים האחרים שהשיגו FST גבוה, חלקם גם הגיוניים וידועים מקודם. לגבי אלו שלא, אני מנסיון חשדן עד שהממצא ישוכפל במדגם בלתי-תלוי, והבעיתיות של מדידת FST בהחלט לא עוזרת.

 

[רני שרוני]

שאלה כללית לגבי לחץ וסחף

(גם לצ'ארלס)

נניח חברה עם מערכת השכלה מפותחת לעומת חברה שלא. סביר שהחברה הראשונה בוררת אנשים עפ"י קריטריון קוגניטיבי (כמו מבחני SAT) ושאנשים אלה מתחתנים ומביאים ילדים אחד עם השני (פרופסורים מתחתנים עם אנשים משכילים). מצד שני אותם אנשים לעיתים גם מתחתנים עם אנשים פחות משכילים. האם בחברה שכזאת יש יותר סיכוי להשבחה של האוכלוסיה מבחינה קוגניטבית?

למעשה יש כאן שילוב של סלקציה וסחף. תכונת נבררות בתת-אוכלוסיה (למשל אנשים עם IQ גבוה) אבל גם חוזרות להתערבב עם האוכלוסיה הכללית. האם זה משנה את ההרכב הגנטי של האוכלוסיה כולה לעומת אוכלוסיה שבה זה לא קורה?

 

[אני רק עובר]

זו שאלה למודלים בגנטיקה של אוכלוסיות

שהם מסובכים אפילו בשביל אלו שעוסקים בתחום.

קודם כל אנחנו צריכים להניח שניתן בכלל לברור גנטית לטובת ביצועים במבחני IQ, ואני לא משוכנע שזה אפשרי. הייתי מעריך סיכוי טוב שבעצם נקבל השבחה של דברים אחרים שתורמים במידה חלשה אך מובהקת ססטיסטית לביצועים ב-IQ , כמו בריאות כללית.

בהנחה שזה כן אפשרי, האם המודל שהצעת היא שיטת ברירה יעילה? אולי. אני מעריך שהוא לא ייצור הפרדה בין תת-אוכלוסיה עם IQ גבוה לתת-אוכלוסיה עם IQ נמוך, כי אלו עם ה-IQ הנמוך לא מעדיפים להתרבות בינם לבין עצמם. לכן הניחוש שלי הוא שהתפלגות ערכי IQ באוכלוסיה תישאר קרובה לנורמלית, כאשר הזנב מצד ימין יתארך כלפי ערכי IQ גבוהים, והממוצע/חציון/מוד גם יזוזו כלפי מעלה אבל בשיעור הרבה יותר קטן.

 

[רני שרוני]

שאלה נוספת (תודה)

"קודם כל אנחנו צריכים להניח שניתן בכלל לברור גנטית לטובת ביצועים במבחני IQ, ואני לא משוכנע שזה אפשרי"
בהנחה שיש מרכיב מורש של 50% בהצלחה במבחני IQ ובוררים עפ"י IQ גבוה אז לא תהיה השבחה לאורך זמן? במה זה שונה מפנוטיפ כמו צבע עור (פרופ' רק סיפר על שבט שברר לצבע כהה ביותר)?

(אגב לא ידוע לי נסיון לברירה של יכולות קוגניטיביות בבע"ח אחרים).

"אלו עם ה-IQ הנמוך לא מעדיפים להתרבות בינם לבין עצמם"
בדיוק! זה לא נוגע לפיטנס כי עם לערבוב החוזר של פרטים "מושבחים" עם שאר האוכלוסיה. גם לי נראה באופן אינטואיטיבי שזה לא צריך להשפיע על הממוצע של כלל האוכלוסיה למרות שגם תת אוכלוסיה עם מסוגלות גבוהה יכולה לתת יתרון תרבותי\חברתי (למשל לייצר הרבה מישרות מסביב לה).

 

[אני רק עובר]

תשובות

עד כמה שידוע לי, הטענה שיש מרכיב מורש של 50% או יותר במבחני IQ מבוססת על פרדיגמה אחת בלבד: מחקרי תאומים (ספציפית השוואה של הקורלציה בין תאומים זהים ולא זהים). הפרדיגמה הזו בעייתית ממספר סיבות מתודלוגיות וסטטיסטיות, וקשה עד בלתי-אפשרי לאמת את הממצאים שלה בפרדיגמות אחרות. אני אישית לוקח את התוצאות שלה בערבון מוגבל מאוד. "קוסם" יודע יותר על הנושא.

נדמה לי שנערכו מספר ניסויים להשבחה של חולדות/עכברים בהתאם לביצועים שלהם במבוך או מבחן קוגניטיבי אחר. לא ידוע לי שאי פעם הצליחו לייצר בניסויים האלו איזשהו "גזע עליון" של חולדות או עכברים אינטליגנטים מן הממוצע. אני חושב שבד"כ התברר שבני הזן עם הביצועים היותר טובים היו בריאים יותר, רצים מהירים יותר, או נוטים יותר לפעילות בסביבה לא מוכרת. כלומר לחץ הברירה למעשה פעל על גורמים אחרים כלשהם שנתנו יתרון/חסרון במבחן הספציפי, לא על היכולת הקוגניטיבית.

אצל כלבים ישנה הטענה הקבועה שגזעים מסויימים חכמים מאחרים (אם כי בסטנדרט הרשמי של כמעט כל גזע כלבים כתוב שהוא חכם...). בדיקות יותר יסודיות לרוב מסיקות שההבדל הוא באופי ולא בכישורים הקוגניטיביים. גזעים שמנצחים קבוע בתחרויות אילוף, כמו בורדר קולי, רועה גרמני וגולדן רטריבר, הם לאו דווקא יותר חכמים, אלא מתאפיינים בתשוקה עזה להשביע את רצון המאלף.

 

[רני שרוני]

אתה מבין את הטכניקה הבאה לזיהוי לחץ סלקציה?

מאותו מאמר שהזכרתי:
This genome-wide approach is novel in that it compares different SNP classes that are equally influenced by demography. Therefore, any deviation in the degree of population differentiation between SNP classes should be attributable to selection.

אני מניח שעל המסקנה הבאה לגבי לחץ שלילי קל להסכים:
Altogether, the most plausible explanation for the lower levels of population differentiation observed among nonsynonymous mutations is that negative selection acts to maintain the status quo of essential proteins.

אבל כאן נראה שהם לא לוקחים בחשבון סחף:
All things considered, and after excluding a number of potentially confounding factors, we conclude that the observed excess of strong population differentiation in genic SNPs, particularly in nonsynonymous and 5-UTR variants, must therefore result from the action of local positive selection. Notably, the signature of positive selection observed at these SNP classes was not restricted to a single population or a broad geographic area; instead, it was observed in all study populations, as attested by the similar results obtained when using population-pairwise FST estimates

ומדברים על לחץ חיובי ב 60% מהגנים שמראים שונות חזקה בין אוכלוסיות:
Our approach—comparing whole-genome FST distributions between different functional classes of SNPs—showed that at least 60% of the genes presenting extreme levels of population differentiation for nonsynonymous and 5-UTR variants are indeed under positive selection.

 

[אני רק עובר]

בעיקרון כן

הרעיון הכללי אומר ככה: בוא נשווה בין FST באזורים בגנום שלא משפיעים על הפנוטיפ (ולכן יכולים לעבור אבולוציה ודיפרנציאציה רק באמצעות מנגנונים אקראיים כמו סחף) לבין אזורים שכן משפיעים על הפנוטיפ (ולכן ברירה טבעית יכולה לעבוד עליהם). האזורים שאין להם השפעה ייתנו לנו את הרמה הבסיסית של FST שנגרמת ע"י סחף. לכן יתרון ה-FST באזורים שכן משפיעים על הפנוטיפ חייב להיות תוצאה של ברירה טבעית.

הרעיון הזה (שכבר קיים הרבה שנים ולא מחברי המאמר המציאו אותו) נראה הגיוני בתאוריה, אבל השאלה היא אם היישום שלהם נכון, וכאן כמו שאומרים השטן נמצא בפרטים. אם הם לא בודקים את הדברים הנכונים ולא עושים את החישובים הנכונים הם יגיעו למספרים מוטעים. אני לא מבין בתחום מספיק בשביל לבקר אותם, אבל אני כבר יודע על דבר אחד שהם כנראה לא עושים טוב - הם משתמשים במדד בעייתי של FST . זה לא מבשר טובות לגבי שאר החישובים שלהם.

הדרך היחידה שאני רואה לוודא אם התוצאות שלהם אמינות היא לבדוק את אותם האתרים ש"התגלו" כמושפעים ע"י ברירה טבעית חזקה, ולשאול מי הם, האם הם אכן משפיעים על הפנוטיפ, איך משפיעים ומה עוצמת ההשפעה. עורכי המחקר אפילו לא ווידאו שהם יכולים לשחזר את הממצא שלהם במדגם בלתי-תלוי, וגם זה לא מבשר טובות לגבי צורת העבודה שלהם.

אתה יכול פשוט לקחת את רשימת הגנים שהם גילו, ולחפש בגוגל סכולר מה מצאו עליהם בשנים מאז פורסם המאמר. לא עשיתי את הבדיקה הזו אבל הרושם השטחי שלי הוא שלגבי חלק מהגנים שהתגלו כבר היה ידוע מקודם שהם נבררים בברירה טבעית, ולגבי החדשים עדיין לא הראו שהם אכן משפיעים.

 

[רני שרוני]

יש לך מושג לגבי הסימולציה של לחץ שלילי?

"Population genetic simulations of negative selection"
למה אין סימולציה של לחץ חיובי?

To simulate the effects of negative selection on FST estimates, we then incorporated a deleterious population selection coefficient (S) varying from 1 to a maximum of 15

 

[Charles Darwin]

אוקיי, קבל בדיחה

איש אחד נכנס לפורום ואומר: "ניתן לצפות ל-Fst נמוך יותר במיקרוסטליטים".
איש שני "מוכיח" ש-Fst זה מדד בעייתי בגלל Fst נמוך ב...

...מיקרוסטליטים!

המאמר של לונג וקיטלס מבוסס על מיקרוסטליטים - ולכן, כצפוי, ה-Fst בין האדם לשימפנזה יצא נמוך. בוא נעזוב את עניין הדגימה בשלב זה.

"עמדה שהודעה אחת קודם ייחסת למתנגדי הגזע"

אמרתי שיש כאן הטעיה, לא טעות. אבל כבר ויתרתי על הנקודה הזו.

"גם לא זוכר מתי התלוננת על גודל מדגם קטן, וגם מתלונן על גודל המדגם הקטן של לונג וקיטלס"

התלוננתי על מדגם לא מאוזן. אין שום קשר לגודל המדגם.

"אם יש לך תסריט אלטרנטיבי, אתה מוזמן להסביר איך הוא הצליח לגרום לירידה הדרגתית סדירה של השונות עם המרחק מאפריקה, על פני כל יבשות כדור הארץ פלוס איי האוקיינוס השקט. אני לא מכיר אפילו מאמר מדעי אחד שהציג תסריט כזה."

כן, יש לי תסריט כזה, הוא נקרא צוואר בקבוק. בתחילת צוואר הבקבוק אין ירידה בשונות, ולכן ברגע היציאה מאפריקה השונות בקבוצה שיצאה היתה יכולה להיות כמעט זהה לזו שבאוכלוסיה הגדולה יותר שנותרה מאחור.

"לא היה אצל כלבים "צוואר בקבוק" במובן הרגיל של המונח. היו הרבה הכלאות קרובים"

יש מונח אחר להכלאות קרובים - צוואר בקבוק. אני לא צריך להראות לך שאין שום הבדל בין האבולוציה של האדם לבין זו של הכלב - כל מה שאני צריך להראות זה שאיבוד של שונות גנטית עשוי להוביל להבדלים משמעותיים. הראיתי שלא רק שזה עשוי להוביל להבדלים משמעותיים, אלא בפועל אותו תהליך הוביל להבדלים הכי מהירים שנצפו אי פעם ביונקים.

"לונג וקיטלס מדגימים באופן משכנע למה הוספת השימפנזים גרמה לעלייה קטנה ב-FST. הסיבה העיקרית היא שמדד FST פותח על בסיס ההנחה שלכל האוכלוסיות אותה חלוקה היררכית, ולכן הוא מייצר ארטיפקטים כאשר מכניסים לו אוכלוסיות עם חלוקה היררכית שונה. כאשר לונג וקיטלס ויתרו על ההנחה הזו, הFST בין בני האדם והשימפנזים באותו המדגם בדיוק קפץ מ-0.18 ל-0.36. "

כנראה שלא קשה לשכנע את מי שרוצה להשתכנע. העובדה שאפילו אחרי ה"תיקון" ה-Fst עלה רק ל-0.36 היתה צריכה להדליק אצלך נורה אדומה. זה אפילו פחות מאשר בין השימפנזה המערבית לבין שני תתי-המין האחרים של השימפנזה במאמר שנתת בשרשור הקודם (Fst = 0.37-0.42).

 

[אני רק עובר]

לא בדיחה, זו טענה רצינית

FST הוא אלגוריתם מתמטי, הוא לא יודע ולא איכפת לו אם הנתונים שלו הגיעו ממיקרוסטלייטים, מ-SNP או בכלל ממדידות פנוטיפיות. הסיבה שמחקרים במיקרוסטלייטים נוטים לקבל ערכים נמוכים יותר היא ש- FST מוטה כתלות במספר האללים בכל אתר, ובמיקרוסטלייטים יש בד"כ יותר אללים מאשר ב-SNP. אפילו רק בתוך מחקרי מיקרוסטלייטים או רק בתוך מחקרי SNP, לכל אתר יכול להיות מספר שונה של אללים. אם אנחנו יודעים לכמת את ההטייה הזו אנחנו יכולים להציע מדד משופר שמתקן אותה. כל עוד אנחנו לא יודעים, FST אכן מדד בעייתי.

לגבי מדגם לא מאוזן, אני לא יודע אם FST אמור להיות רגיש אליו, והאם הוא אכן רגיש בפועל. להרבה מדדים סטטיסטיים אין שום בעייה עם מדגם לא מאוזן. כאשר אני משתמש ב-ANOVA להשוות בין שתי קבוצות, שמאחת אני יכול להשיג מדגם של 20 בלבד ומהשנייה מדגם של 200, אני משתמש במדגמים האלו בשמחה ואף סטטיסטיקאי או שופט של כתב-עת מדעי מעולם לא העיר לי על כך. מדגם של 200:20 אמנם ייתן לי פחות עוצמה סטטיסטית מאשר מדגם מאוזן לחלוטין של 110:110 אבל הרבה יותר מאשר 20:20. לגבי גודל האפקט, שזו הנקודה היותר רלוונטית לדיון (FST הוא למעשה גודל האפקט F ב-ANOVA), מעולם לא ראיתי טענה להטייה כלשהי של מדגם לא מאוזן.

הסיבה ש-0.36 בין שימפנזים ובני-אדם עדיין נמוך יחסית היא כנראה שלונג וקיטלס לא תיקנו להטיות אחרות של FST, כמו ההטייה למיקרוסטלייטים. בכל מקרה, ההנחה שלך ש-FST בין סוגים חייב להיות גדול מ-FST בין מינים או תת-מינים היא מוטעית (נדמה לי שכבר הערתי לך על זה). אני יכול למצוא לך מחקרים שבאותו המדגם ובאותה השיטה מדווחים על FST יותר קטן ברמה הטקסונומית היותר גבוהה.

 

[Charles Darwin]

גם כשאתה רואה שאני צודק אתה איכשהו הופך את זה

לשגיאות שלי וניסיונות עקרים שלך "ללמד" אותי.

אתה חשבת שהסיבה העיקרית לממצאים של לונג וקיטלס היא "שמדד FST פותח על בסיס ההנחה שלכל האוכלוסיות אותה חלוקה היררכית, ולכן הוא מייצר ארטיפקטים". אני העליתי הסבר נוסף - העובדה שהם השתמשו במיקרוסטליטים. אתה רואה שאני צודק, אבל במקום להגיד "וואלה, יש בזה משהו" או "יפה שעלית על זה, כשלונג, קיטלס, והשופטים שעברו על המאמר פיספסו את זה", אתה לועג על זה שכאילו עשיתי האנשה ל-Fst. בשביל הפרוטוקול, אני יודע של-Fst לא איכפת מאיפה באו הנתונים ואני יודע למה זה יוצא משובש במיקרוסטליטים, אבל זה לא משנה מה הסיבה - מה שמשנה זה שזה נכון. והפיתרון מאוד פשוט - לא להשתמש במיקרוסטליטים לחישוב Fst בלי לקחת בחשבון את ההשלכות.

לגבי מדגם לא מאוזן, זה תלוי. אם הם איחדו את האוכלוסיות האנושיות מול השימפנזה אולי זה לא משנה, אבל אם הם התייחסו לשימפנזה כאוכלוסיה נוספת (סה"כ 9 אוכלוסיות), זה ועוד איך יכול לשנות. בכל מקרה רק אתמול ראיתי את המאמר המלא, ועדיין לא קראתי אותו לעומק, אך ברגע שראיתי שהם השתמשו במיקרוסטליטים הסכמתי לוותר על עניין המדגם בשלב זה.

"בכל מקרה, ההנחה שלך ש-FST בין סוגים חייב להיות גדול מ-FST בין מינים או תת-מינים היא מוטעית (נדמה לי שכבר הערתי לך על זה)."

סביר מאוד להניח שכבר הערת לי על זה - אתה נוהג להעיר לי על דברים שלא אמרתי. ואני כבר הערתי לך כמה פעמים שמומלץ לצטט באופן ישיר כדי לצמצם את התופעה. ברור ש-Fst יכול להיות גדול יותר בין תתי-מין מאשר בין מינים, אבל זה לא המצב במקרה של שימפנזים ובני אדם. כשהאנליזה מאוזנת, אם בין תתי-מי של שימפנזה מקבלים Fst של 0.4, אז ה-Fst בין האדם לשימפנזה צריך להיות בערך 0.9.

 

[אני רק עובר]

אולי הבעייה היא שאתה מעביר ביקורת קטלנית

על מאמר לפני שאתה קורא אותו. ואחרי זה עוד מצפה לקבל שבחים על שעלית על משהו שנעלם מעיני הכותבים והשופטים...

מידת ההשפעה של שימוש במיקרוסטלייטים על FST לחלוטין לא רלבנטית למאמר של לונג וקיטלס. המטרה שלהם לא הייתה להעריך את ההשפעה הזו, וגם לא לחשב מהו FST ה"נכון" בין בני-אדם ושימפנזים. המטרה היתה לחקור איך FST עובד ומה המגבלות שלו. הם מצאו ש-FST של אוכלוסיות אדם עולה רק מעט כאשר מוסיפים שימפנזים, אבל עולה הרבה יותר אם מוותרים על ההנחה של מבנה היררכי זהה. המסקנה שלהם היא ש-FST מוגבל כתוצאה מהנחת מבנה היררכי זהה.

אתה גם נורא בטוח מה צריך לצאת ה-FST ה"נכון" בין בני-אדם ושימפנזים. האם אתה מכיר מישהו אחר שבדק FST גם בין אוכלוסיות אנושיות וגם בין בני-אדם ושימפנזים, בתוך אותו המחקר, באמצעות אותה השיטה, עם אותו סוג ומספר של סמנים?

 

[Charles Darwin]

אולי, אבל זה לא סביר.

"מידת ההשפעה של שימוש במיקרוסטלייטים על FST לחלוטין לא רלבנטית למאמר של לונג וקיטלס [...] הם מצאו ש-FST של אוכלוסיות אדם עולה רק מעט כאשר מוסיפים שימפנזים"

הוא עולה במעט *בגלל* שהם השתמשו במיקרוסטליטים.

"אולי הבעייה היא שאתה מעביר ביקורת קטלנית על מאמר לפני שאתה קורא אותו."

התוצאה שלהם כל כך לא הגיונית שהייתי מוכן להמר שיש שם בעיה בסיסית אפילו בלי לקרוא את המאמר. ומסתבר שההימור הצליח...

"המסקנה שלהם היא ש-FST מוגבל כתוצאה מהנחת מבנה היררכי זהה."

בצורה דומה אפשר להראות שה-Fst בין האירופאים לאפריקאים מוטה כלפי למטה בגלל השונות האפריקאית הגדולה. אם נלך לפי הפרספקטיבה האירופאית אני צופה Fst קרוב 0.25.

"אתה גם נורא בטוח מה צריך לצאת ה-FST ה"נכון" בין בני-אדם ושימפנזים. האם אתה מכיר מישהו אחר שבדק FST גם בין אוכלוסיות אנושיות וגם בין בני-אדם ושימפנזים, בתוך אותו המחקר, באמצעות אותה השיטה, עם אותו סוג ומספר של סמנים?"

כן, למרות שאין בכך צורך. מאמר שעונה על כל הדרישות שלך ולפיו ה-Fst בין האדם לשימפנזה הוא 0.89 (Table 2). אבל זה ממש לא הכרחי; מספיק לדעת שבין בני אדם יש כ-3 מיליון הבדלים, בין שימפנזים יש כנראה פחות מ-10 מיליון הבדלים, ובין בני אדם לשימפנזים יש כ-40 מיליון הבדלים. מכאן אפשר להעריך שה-Fst צריך להיות בסביבות 0.9, לא 0.18 ולא 0.36.

"ההנחה שלך ש-FST בין סוגים חייב להיות גדול מ-FST בין מינים או תת-מינים היא מוטעית"

כאמור, לא הנחתי את ההנחה הזו. מה שכן, מבחינה אמפירית אתה יכול לראות שזה בדיוק מה שרואים במאמר שקישרתי למעלה. ה-Fst בין כל תתי-המין < בין מינים < בין סוגים. כמובן שאין חוק שמחייב שזה תמיד יהיה כך, אבל זה גם לא מקרי. אגב, שים לב שאנחנו מדברים על השוואה בין תתי-מין (של שימפנזה) לבין סוגים (אדם מול שימפנזה), כך שזה הרבה פחות סביר לקבל Fst יותר גבוה בין תתי-המין. מילא אם היו משווים את כל שושלת האדם (כולל לוסי וארדי וכו') לשימפנזה.

לדעתי יש לכך הסבר פשוט - אתה נותן הרבה יותר מדי משקל להיררכיות. במאמר של לונג וקיטלס שלדידך מדגים בצורה נפלאה את ההשפעה של ההיררכיות הם לא התקרבו בכלל לערכי Fst הגיוניים אפילו אחרי כל התיקונים. לעומת זאת במאמר שהבאתי התוצאה הגיונית למהדרין ללא שום תיקון.

אני רואה קשר ישיר בין כל הדיונים האלה על Fst, החל מהפפואנים, דרך איבוד השונות במהלך ואחרי היציאה מאפריקה, העליה המטאורית ב-Fst בזאבים, ההשוואה בין האדם לשימפנזה וכו'. בכל המקרים אתה מתייחס ל-Fst כמדד הפכפך וגמיש ואילו אני אומר שבפועל הוא הרבה יותר מוגבל, בגלל שגודל האוכלוסיה האפקטיבי וטווח השונות בתוך אוכלוסיות טבעיות נוטים להיות מוגבלים. למשל כל ההבדל בין האוכלוסיות הכי הומוגניות באדם לבין האוכלוסיות הכי הטרוגניות בשימפנזה הוא סדר גודל אחד. לעומת זאת ההבדל ב-Fst יכול בקלות לנוע על פני 3-4 סדרי גודל בין אוכלוסיות שונות באדם. עד שלא ניישב את העניין הזה אני חושש שלא נוכל להתקדם.

 

[אני רק עובר]

קודם כל תודה על המאמר המעניין

בלי ציניות. אחד הפלוסים בויכוחים המתישים איתך הוא שלפעמים אתה מוצא מאמרים שנעלמו מעיני (לא שזה קשה בהתחשב בכמות העצומה של פרסומים בתחום שאין לי זמן לעקוב אחריהם).

עכשיו, אני מעריך ששמת לב (אך העדפת לא להזכיר) שלפי המאמר הזה, FST המקסימלי בין שלושת ה"גזעים" האנושיים הוא 0.15., ולעומת זאת FST בין אורנגאוטנים בורנאים וסומטרים, וכן בין שימפנזים מזרחיים/מרכזיים למערביים, הוא בערך פי שניים מזה.

אגב, גם המדגם של המאמר הזה לא ממש מאוזן. מדגמי קופי האדם מכל אוכלוסיה הם שני שליש עד חצי ממדגמי בני-האדם. לשיטתך זה אומר שתוצאות המאמר עדיין מעריכות בחסר את ה-FST של קופי האדם, אבל בוא נעזוב את זה...

המסקנה הברורה שאתה אמור להסיק מן המאמר היא שההבדלים בין "גזעי" אדם, במונחי FST, קטנים פי שניים מן ההבדלים בין אוכלוסיות שימפנזים ואורנגאוטנים. אולי כדאי גם שתיידע את ג'ון גודרם. אני בספק אם המאמר הזה נזכר ב- race FAQ שלו.

אני גם אזכיר לך עוד פעם שאוכלוסיות קופי האדם המדוברות חיות בשני איים סמוכים (במקרה של האורנגאוטנים) ובאפריקה הטרופית (במקרה של השימפנזים). לעומת זאת שלושת "גזעי" האדם חיים בשלוש יבשות.

שים לב שמחברי המאמר אכן מעירים ש-FST עלול להיות בעייתי, ומצטטים בנושא את אחד המבקרים הרבים שלו (Charlesworth 1998, רפרנס מס' 44). בתגובה הם מבצעים בדיקה מסויימת ע"מ לוודא שהתוצאות שלהם לא מוטות. בניגוד לך, אני לא מומחה לנושא ולא מתיימר לקבוע אם הבדיקה שלהם פותרת את הבעיות של FST או לא. אני רק אציין שזה המאמר היחיד שבו ראיתי שימוש בשיטה כזו.

כמו כן, עמדת מחברי המאמר היא שאפילו ההבדלים בין אוכלוסיות קופי האדם לא מצדיקים חלוקה לתת-מינים, והם מעריכים שבמחקרים עתידיים יתגלה שהשונות אצלם מתפלגת באופן רציף כתלות במרחק גאוגרפי, כמו אצל בני אדם. זאת כמובן עמדה לגיטימית. בשרשור הקודם רק לפני שבועיים חיפשת בנרות מאמר שמציג עמדה כזו, אז הנה מצאת עוד אחד... בכל מקרה, בין אם נקבל את הלגיטימיות של תת-מינים בקופי-אדם ובין אם לאו, זה כבר ברור שבמונחי FST הם לגיטימיים פי שניים מ"גזעי" אדם.