גם MKVToolnix תומכת בזה
יש לך בצד קטגוריה של Chapter Editor, ואתה יכול שם ליצור/לערוך את הפרקים כרצונך. זה לא הכי נוח, כי הם לא מביאים לך אפשרות לצפות בסרט תוך כדי, ככה שאם אתה לא מתכוון ליצור ערכים אקראיים (לדוג' כל 10 דקות) אז זה קצת לא נוח. אבל בעקרון, יצא לי ליצור פרקים איתה, ואז פשוט משתמשים בנגן כלשהו כדי לגלות באיזו נק' אתה רוצה להכניס פרק, ומכניסים אותו לפי הזמן המדויק שלו. (אפשר לקרוא לו בשם, ואפילו בשם שונה לפי שפות שונות וכדו').
בסוף, אפשר לבקש ממנו להטמיע את הפרקים לתוך קובץ (MKV כמובן) או לשמור אותם כקובץ xml ואז עם תוכנות אחרות להטמיע ב-MP4.
ובעקרון, יש גם אתרים שיש בהם קבצי פרקים "קרועים" מהדיסק המקורי (יש מצב שמישהו יצר אותם, אבל עד כמה שאני זוכר הם איכשהו מחלצים את זה מהמקור, לא יודע לגבי החוקיות של כל הנושא) ואז יש מקרים שזה יכול לעזור...